(१) अध्यक्षको समन्वय, निर्देशन र नियन्त्रणमा रही आयोगको प्रशासनिक कार्य सञ्चालन गर्नु सचिवको प्रमुख कर्तव्य हुनेछ।
(२) ऐनको दफा १३ तथा उपनियम (१) मा लेखिए बाहेक सचिवको काम, कर्तव्य र अधिकार देहाय बमोजिम हुनेछ:-
(क) आयोगको प्रशासकीय प्रमुखको हैसियतले नेपाल सरकारका कार्यालय, नागरिक समाज र सम्बद्ध अन्य निकायसँग आयोगको तर्फबाट सम्पर्क कायम गर्ने, गराउने,
(ख) आयोगको आर्थिक प्रशासन सम्बन्धी कार्यको निर्देशन, नियन्त्रण र सञ्चालन गर्ने, गराउने,
(ग) आफू मातहतका कर्मचारीको कार्यविभाजन, रेखदेख, नियन्त्रण र समन्वय गर्ने, गराउने,
(घ) आयोगको कामसँग सम्बन्धित विषयमा अध्ययन, अनुसन्धान गर्ने, गराउने,
(ङ) आयोगको बैठकको निर्णय पुस्तिका लिपिबद्ध गर्ने र सुरक्षित राख्ने व्यवस्था गर्ने,
(च) आयोगको निर्णय कार्यान्वयन गर्ने, गराउने,
(छ) आयोगमा प्राप्त हुन आएका उजुरी निवेदन दर्ता गर्ने, गराउने,
(ज) वार्षिक कार्यक्रमको मस्यौदा तयार गरी स्वीकृतिका लागि आयोगमा पेश गर्ने,
(झ) आयोगका कर्मचारीहरुको वृत्ति विकास र क्षमता अभिवृद्धि सम्बन्धी कार्यक्रम सञ्चालन गर्ने, गराउने,
(ज) आयोगबाट स्वीकृत कार्यक्रमको कार्यान्वयन, निरीक्षण, अनुगमन, मूल्याङ्कन र समीक्षा सम्बन्धी कार्य गर्ने, गराउने,
(ट) आयोगबाट स्वीकृत कार्यक्रम कार्यान्वयन गर्ने, गराउने,
(ठ) आयोगले तोकेको आयोगसँग सम्बन्धित अन्य काम गर्ने, गराउने ।
(३) उपनियम (१) र (२) बमोजिम प्राप्त अधिकार मध्यै सचिवले कुनै अधिकार आयोगका अधिकृतस्तरका कर्मचारीलाई प्रत्यायोजन गर्न सक्नेछ।